La Fundación, adscrita al Protectorado de Fundaciones de competencia estatal, dependiente del Ministerio de Cultura y Deporte del Gobierno de España, se rige conforme a unos Estatutos y está administrada por una Junta de Patronato compuesta en la actualidad por los siguientes miembros:
Patronato
Señora Ministra D.ª Pilar Alegría Continente
Ministra de Educación y Formación Profesional del Gobierno de España
D. Ilias Fotopoulos
Embajador de la República de Grecia en España
D.ª Anne Louyot
Consejera de Cultura de la Embajada de Francia
D. Antonio Alvar Ezquerra
Catedrático emérito de Filología Latina de la Universidad de Alcalá, Presidente
D. Alberto Bernabé Pajares
Catedrático emérito de Filología Griega de la Universidad Complutense de Madrid
D. Emilio Crespo Güemes
Catedrático emérito de Filología Griega de la Universidad Autónoma de Madrid
D. Vicente Cristóbal López
Catedrático emérito de Filología Latina de la Universidad Complutense de Madrid
D. José Manuel Floristán Imízcoz
Catedrático de Filología Griega de la Universidad Complutense de Madrid, Secretario
D. Luis A. García Moreno
Catedrático de Historia Antigua de la Universidad de Alcalá, miembro de la Real Academia de la Historia
D. Juan Gil Fernández
Catedrático jubilado de Filología Latina de la Universidad de Sevilla, miembro de la Real Academia Española
D.ª María Paz García-Bellido y García de Diego
Profesora ad honorem del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
D. José Luis Moralejo Álvarez
Catedrático jubilado de Filología Latina de la Universidad de Alcalá
D.ª Ana María Moure Casas
Catedrática de Filología Latina de la Universidad Complutense de Madrid
D. Fernando Quesada Sanz
Catedrático de Arqueología de la Universidad Autónoma de Madrid
D.ª Sofía Torallas Tovar
Profesora de Religión en la Universidad de Princeton (Nueva Jersey, EE.UU) e investigadora en el Institute for Advanced Study de Princeton, Catedrática emérita en la Universidad de Chicago
Patronos eméritos
D. Manuel Bendala Galán
Catedrático jubilado de Arqueología de la Universidad Autónoma de Madrid
D. Antonio Linage Conde
Notario jubilado
D. Miguel Ángel Ochoa Brun
Embajador de España, miembro de la Real Academia de la Historia
D. José Antonio Pascual Rodríguez
Catedrático emérito de Lengua Española de la Universidad Carlos III de Madrid, miembro de la Real Academia Española