Ya antes de 1954, Antonio Pastor financió becas para estudiantes de la Universidad de Madrid, para realizar estudios sobre la Antigüedad clásica y sobre lenguas modernas.
Desde 1996 hasta 2006, la Fundación cofinanció una beca anual del programa promovido por la Comunidad de Madrid destinado a la incorporación laboral de estudiantes y licenciados de humanidades.
En el curso 2007-2008, la Fundación firmó un convenio de cooperación educativa con la Universidad Autónoma de Madrid en virtud del cual dos estudiantes de Filología Clásica de la citada Universidad realizan prácticas en la Biblioteca de la Fundación.
Este convenio se extinguió en 2016.
II Convocatoria de una estancia breve de investigación en la Brigham Young University (Utah, EEUU) para perfeccionamiento en la lectura y estudio de papiros escritos en la Antigüedad: ConvocatoriaintercambioFPyBYU2019